События, происходящие в The Legend of Heroes II: Prophecy of the Moonlight Witch являются предысторией к тем, которые происходили в первой части игры. Юные друзья Джурио и Крис отправляются в путешествие по пяти святыням окружающим их деревню. По пути им предстоит справиться с темной магии Королевы Изабеллы.

Трогательная история о мальчике, которого в раннем детстве разлучили с сестрой. Когда этому мальчику становится 17 лет он отправляется со своим другом на поиски сестры по имени Эймель. Но выясняется, что за ней ведут охоту злые силы не просто так, а из-за того, что она медиум между миром духов и нашим миром и плохие парни хотят с её помощью оживить от вечного сна злого бога Октума.

По словам разработчиков из THQ, игра представит собой симулятор жизни скорпиона и тарантула в "жестоком мире пустыни, где победить - значит остаться в живых". Действие развернется в засушливом устье реки Хила (штат Аризона, приток полноводной Колорадо), где нас ожидает "борьба против ос, "черных вдов" и главного хищника - человека". Работать все это будет на "интуитивном контроле движений, который позволит управлять каждым ужаливанием и укусом".